Kā viens no sarežģītākajiem uzdevumiem, kas jārisina LSEZ pārvaldei, lai nodrošinātu apkārtējās vides uzlabošanos Liepājas ostā, ir Karostas kanāla attīrīšana no tās vēsturiskā piesārņojuma (Nr. 17004/5138 Piesārņoto un potenciāli piesārņoto vietu reģistrā). Karostas kanāls ir mākslīga būve, kas ir izveidota 20 gs. sākumā. No 1945. līdz 1994. gadam Karostas kanāls bija slēgta militāra teritorija, kurā atradās Padomju Savienības, bet kopš 1991.gada Krievijas Federācijas jūras kara flotes zemūdeņu bāze. Militārās bāzes darbība ir atstājusi paliekošu ietekmi uz teritoriju, kuru Helsinku Komisija (HELCOM) ir noteikusi par vienu no deviņām vispiesārņotākajām teritorijām Latvijas Republikā ("karstais punkts" Nr.48, Liepājas pilsēta un osta). Karostas kanāla kopējā platība ir 874 897 m2, tai skaitā attīrāmā platība, kura sastāda 780 000 m2.
2015.gada decembrī noslēdzās Eiropas Savienības Kohēzijas fonda (KF) līdzfinansētais projekts "Vēsturiski piesārņotas vietas Liepājas ostas Karostas kanāla attīrīšana, I kārta". Joprojām tiek turpināts darbs pie finansējuma piesaistes, lai veiktu pilnu Karostas kanāla sanāciju, likvidējot piesārņojumu un tā ietekmi uz apkārtējo vidi.